發放薪資方面，若在行政機關，就下個月薪資部分，人事人員要在該月底前審核「出納單位」所送的下個月薪資清冊（含職稱、姓名、待遇、獎金、保險自付額、公務人員退撫基金、政務人員離職儲金、聘僱人員離職儲金、追補（扣）調整數、房屋貸款、債務償還）等代扣款的合法性與正確性，核章後送會計單位。
代扣款部分，若是公教人員保險，人事人員要進入臺灣銀行公教人員保險網路作業系統進行人員加退保資料維護，每月依據該系統產製「入帳通知單」、「公教人員保險三合一清單」、「保險費明細表」，簽核並送出納管理單位核對及會計單位審核，而出納人員繳費取得繳款證明，交由人事人員審核無誤後，附上繳款證明送會計單位即可辦理核銷。
若是全民健康保險，人事人員要進入中央健康保險署「多憑證網路承保作業系統」進行人員加退保資料維護，每月依據該系統「保費計算明細表」及「健保署繳款單」，簽核送出納管理單位核對及會計單位審核 出納人員繳費取得繳款證明，交由人事人員審核無誤後，附上繳款證明送會計單位辦理核銷。
若是退撫基金，由人事人員進入公務人員退休撫卹基金管理委員會退撫基金繳納作業系統進行退撫基金異動維護，每月從該系統產製「公務人員退休撫卹基金繳費清單」，簽核並送出納管理單位核對及會計單位審核，出納人員繳費取得繳款證明，交由人事人員審核無誤後，附上繳款證明送會計單位辦理核銷。
若是離職儲金，人事人員要進入臺灣銀行政務及聘僱人員離職儲金作業系統，輸入政務人員、聘僱人員異動資料，每月自該系統產製「參加人員名冊」、「異動清單」、「機關學校政務人員暨聘僱人員離職儲金分戶提存明細清單」，簽核並送出納管理單位核對及會計單位審核，出納人員繳費取得繳款證明，交由人事人員審核無誤後，附上繳款證明送會計單位辦理核銷。
若是薪資清冊，出納管理單位收到人事單位所送職員（含聘僱人員）之派令或異動通知單、總務(秘書)單位所送技工、工友之僱用令(函)或異動通知單後，要進入薪資系統進行薪資資料異動維護，於每月月底前依人事及總務（秘書）單位確認之職員（含聘僱人員）及技工、工友實際任職人數，進入薪資系統進行薪資作業，編製下個月薪資清冊。出納管理單位核對並確認本月與下個月差額明細是否相符，列印下月份職員（含聘僱人員）薪資清冊及製作其與本月份薪資差異分析表，並於薪資清冊核章後，送人事單位審核，另列印下月份技工、工友薪資清冊核章後，送總務（秘書）單位審核。
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